initdb es un programa que viene en cualquier distribucion de PostgreSQL y que se utiliza para definir y generar el directorio de datos (PGDATA) de un cluster PostgreSQL.

Este directorio contiene todo los datos y ficheros de configuracion necesarios por un sistema PostgreSQL para funcionar y contendra todos los ficheros de nuestras bases de datos si no utilizamos 'tablespaces'

Si instalas PostgreSQL desde las fuentes tendras que ejecutar initdb manualmente. Si utilizas los paquetes binarios que se distribuyen con las distintas distribuciones de Linux o windows, se suele ejecutar initdb automaticamente como un paso del proceso de instalacion.

Mas informacion:
http://www.postgresql.org/docs/8.4/interactive/app-initdb.html
http://www.postgresql-es.org/node/218